صدیقه مصطفوی (دختر حضرت امام) می گوید: یادم می آید از دوران کودکی کم خواب بودم. چندین بار نیمه های شب بیدار می شدم و مکرر نماز شب آقا را می دیدم. از خود می پرسیدم: چرا آقا در هنگام شب این قدر می گرید. خیلی از شب ها مهتاب بود و در پرتو روشنایی آن، اشک های آقا را مشاهده می کردم و این وضع برای من که طفلی بیش نبودم شگفت آور بود. در مدتی هم که به نجف می رفتم و بچه های کوچک داشتم و شب ها بیدار می شدم، آقا در اتاقشان - که رو به روی محل اقامت ما بود - در ایوان کوچکی نماز شب می خواندند و من احساس می کردم برای این که صدایشان را نشنویم گریه هایشان را با بلندگویی که مناجات پخش می کرد تطبیق می دادند و من چون بیدار بودم صدای گریه آقا را می شنیدم.

برخی خویشاوندان که از پانزده سالگی با امام بوده اند، گفته اند: از دوران نوجوانی که با امام در خمین بودیم، آقا یک چراغ موشی کوچک می گرفتند و می رفتند به یک قسمت دیگر که هیچ کس بیدار نشود و نماز شب می خواندند.

همسر امام می گویند: تا حالا نشده که من از نماز شب ایشان بیدار شوم، چون مطلقا چراغ روشن نمی کردند. حتی چراغ دستشویی را روشن نمی کردند تا کسی بیدار نشود.

هنگام وضوی نماز شب، یک ابر زیر شیر آب می نهادند که صدای چکه و ریزش آب موجب بیدار شدن کسی نگردد.

آیة اللّه سید مصطفی خوانساری صحنه ای از عبادت امام را این گونه نقل کرده است:

یک سال در قم برف زیادی آمده و سیل، نصف این شهر را خراب کرده بود. در همان موقع با آن شدت سرما و یخبندان، امام نیمه های شب از مدرسه دارالشفا، به مدرسه فیضیه می آمد و به هر زحمتی بود یخ حوض مدرسه را می شکست، وضو می گرفت و به مدرسه می رفت و در تاریکی مشغول تهجدش می شد. نمی توانم بازگو کنم امام قدس سره چه حالی داشت، با یک سرور و شادی معنوی نماز شب را به جای می آورد و هنگام اذان می آمد مسجد و پشت سر آیة اللّه حاج میرزا جواد ملکی به نماز می ایستاد و بعد برمی گشت و مشغول مباحثاتش می شد.

بانو فاطمه طباطبایی (همسر مرحوم سید احمد خمینی) گفته است:

در سال 1349 شمسی با حاج احمد آقا ازدواج کردم و در سال 1352 شمسی با همسر و فرزند نه ماهه ام به عراق رفتم. نیمه شب بود که به منزل امام قدس سره رسیدیم، خودشان آمدند، در را باز کردند. چند دقیقه ای به احوال پرسی گذشت و بعد نماز شب را شروع کردند. این برای من بسیار شگفت آور بود؛ زیرا نماز شب واجب نبود و می توانستند قدری دیرتر بخوانند، اما با وجود این که علاقه زیادی به پسرشان، حاج احمد آقا، داشتند و چند سالی بود که از ایشان دور بودند، مشغول نماز شدند. بعدها پی بردم این رفتار امام قدس سره به دلیل علاقه وافرشان به نماز بوده است.

حضرت امام در نخستین شب اقامتشان در پاریس در آپارتمان کوچکی اقامت کردند. هنگام خواب به اتاق خود رفتند. ساعت دو بعد از نیمه شب - که به وقت نجف چهار و به وقت تهران چهار و نیم بعد از نیمه شب بود - از اتاق خود بیرون آمدند، وضو گرفتند و برگشتند، هنوز چهار ساعت به اذان صبح مانده بود، یکی از اطرافیان می گوید: تعجب کردیم که چرا ایشان زود از خواب برخاسته اند. صبح معما حل شد؛ زیرا امام قدس سره فرمودند: اینجا چه طور است؟ دیشب هر چه نشستم که صبح شود نماز بخوانم هوا روشن نشد، مشخص گردید که ایشان به عادت هر شب مطابق با افق نجف اشرف دو ساعت به اذان صبح مانده برای نماز شب بلند شده اند. خدمتشان عرض کردیم، افق اینجا با عراق دو ساعت اختلاف دارد. فرمودند: بیایید ساعت مرا درست کنید.

حتی در شب پرواز سرنوشت ساز دوازدهم بهمن سال 1357 شمسی، این برنامه عبادی امام ترک نشد. یکی از اصحابشان که در هواپیما بوده نقل می کند: به احترام آقا طبقه بالای هواپیما را اختصاص به امام دادند تا در آنجا استراحت کند و کسی مزاحمشان نباشد، من جسارت کردم و گفتم: بروم ببینم امام در چه حالی است، وقتی به طبقه بالا رفتم، دیدم امام مشغول نمازند و در حال ریختن اشک هستند.

یک روز در قم حضرت امام بیمار شدند. به دستور پزشکان می بایست به تهران انتقال یابند. هوا بسیار سرد بود و برف می بارید. یخ بندان عجیبی در جاده ها وجود داشت. حضرت امام با این که چندین ساعت در آمبولانس بودند، به محض آن که به بیمارستان قلب تهران منتقل شدند، باز هم نماز شب را به جای آوردند.

بعد از عمل جراحی، هر لحظه که امام مشکل خاصی نداشتند چشمان خود را روی هم می نهادند و می خوابیدند. حتی پزشکان به این شک می افتادند که نکند اثر داروهای بیهوشی است که ایشان را به این صورت در می آورد. اما زمانی که وقت نماز شب فرا می رسید، خودشان بیدار می شدند و می فرمودند: وقت نماز است و این در حالی بود که برای به خواب رفتنشان به امام دارو می دادند، اما به همان حالت عادی رأس ساعت دو بعد از نیمه شب، نماز شب را اقامه می کردند و حتی شور و حال افزونتری داشتند.

یکی از نزدیکان امام نقل می کرد: وقتی وارد اتاق بیمارستان شدم، ایشان را در حالت عجیبی یافتم. آن قدر گریسته بودند که تمامی چهره منورشان خیس شده بود. هنوز هم اشک های مبارکشان چون باران جاری بود و چنان با خدای خود راز و نیاز می کردند که من تحت تأثیر قرار گرفتم. وقتی متوجه من شدند، با حوله ای که بر شانه داشتند صورت خود را خشک کردند.

امام خمینی ظهرها از ساعت یازده و نیم تا یک بعد از ظهر مشغول نماز بودند. یکی از خواهرانی که در بیت ایشان مشغول خدمت بوده، گفته است: از دفتر زیاد به من قند و آب می دادند که ببرم و تبرّک کنم. هر چه لای در را می گشودم که برای تبرک نمودن یا استخاره کردن نزدشان بروم، می دیدم در حال نمازند. ایستاده، نشسته، خوابیده، همه اش نماز نافله می خواندند.

امام خمینی از دوران جوانی که مشغول تحصیل بودند در نماز شب جدیت داشتند. همسر امام گفته است: از سن بیست و هشت سالگی نماز شب امام ترک نشده، یعنی از ابتدای ازدواجشان. به فرمایش آیة اللّه فاضل لنکرانی، امام هفتاد سال نماز شب خود را به صورت متواتر خواندند؛ نماز شبی که خداوند در قرآن می فرماید: کسی که چنین تهجدی را داشته باشد، خداوند او را به مقام شایسته ای می رساند.

حجة الاسلام والمسلمین توسلی گفته است: به جرأت می توانم بگویم که تهجد امام تا آخرین لحظه های حیاتشان ترک نشد، نمازشان همیشه اول وقت بود؛ چه در دوران جوانی و چه پس از آن، دو ساعت مانده به اذان صبح بیدار می شدند و در این مدت، قرائت قرآن می کردند. شب ها یکی از برادران پاسدار پشت در اتاق ایشان می خوابید. یک وقت از وی پرسیدم: شما که مدتی شب ها مراقب امام بودید، خاطره ای از آن بزرگوار دارید؟ گفت: بله شب ها معمولاً دو ساعت به اذان صبح بیدار بودند. یک شب متوجه شدم با صدای بلند گریه می کنند، من هم متأثر شدم و بنای گریه را گذاشتم. امام برای تجدید وضو بیرون آمدند، چون متوجه من شدند فرمودند: تا جوان هستی قدر بدان و خدا را عبادت کن، لذّت عبادت در جوانی است، آدمی وقتی پیر می شود، دلش می خواهد عبادت کند، امّا حال و توان برایش نیست.

صدای گریه حاج آقاست. قبل از سال 41 یکی از علمای تهران نقل می کرد: شبی مهمان مرحوم حاج آقا مصطفی بودم. مقدار زیادی از شب را با ایشان نشستیم و بحث و صحبت علمی کردیم. تازه خوابیده بودیم که یک وقت از صدای گریه و ناله ای هراسان بیدار شدم و حاج آقا مصطفی را بیدار کردم و گفتم: مثل اینکه در همسایگی شما کسی مرده و برایش گریه می کنند. آقا مصطفی گوش کرده و گفت صدای گریه حاج آقایم است (ایشان امام را حاج آقا می گفت) که مشغول نماز شب و گریه و ناله به درگاه خداست.

قبل از اینکه به نجف مشرف بشوم، فردی را در قم دیدم که به نجف رفته بود و امام را ملاقات کرده و نقل می کرد که ما وقتی به نجف رسیدیم به منزل امام زیادتر تردد می کردیم. برنامه همیشگی امام این بود که دو و نیم ساعت پس از مغرب به بیرونی منزل می آمدند تا کسانی که می خواستند ایشان را زیارت کنند یا کاری داشتند خدمتشان برسند و بعد به حرم مشرف می شدند که درست سه ساعت پس از مغرب بود. این امر همیشگی بود، مگر این که حادثه ای پیش می آمد. یک شب امام بر اثر کسالت نتوانستند به حرم مشرف شوند. حالشان خوب نبود و تب زیادی داشتند. هر چه گشتند نتوانستند دکتری را پیدا کنند. تا ساعت دو نیمه شب دکتری پیدا شد و از او خواهش کردند که بیاید امام را معاینه کند. در این ساعت وارد منزل امام که شدیم، حدس می زدیم به دلیل کسالت در بستر خوابیده باشند، ولی وقتی در زدیم و وارد اطاق شدیم، مشاهده کردیم که امام با آن تبی که داشتند روی سجاده نشسته اند و نماز شب می خوانند. صبر کردیم تا نماز ایشان تمام شد و دکتر ایشان را معاینه کرد. پس از معاینه، معلوم شد میزان حرارت امام 42 درجه بود. میزانی که معمولاً انسان های قوی و جوان نیز قادر نیستند روی پای خود بایستند و نماز واجب خود را بخوانند، تا چه رسد به اینکه بخواهند نماز مستحبی بخوانند، ولی امام در اثر عشق به خدا و آن حالت تعبدی که داشتند برنامه عبادت خود را ترک نمی کردند.